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軟件介紹

Dnaman是款很實(shí)用的分子生物學(xué)綜合應(yīng)用軟件。Dnaman電腦版可用于多序列比對(duì)、PCR引物設(shè)計(jì)、限制性酶切分析、質(zhì)粒繪圖、蛋白質(zhì)分析等，幾乎涵蓋所有日常核酸、蛋白質(zhì)序列的分析工作。Dnaman還可進(jìn)行序列同源性分析，包括兩序列同源性分析和多序列同源性分析。

軟件特色

1、DNA和蛋白質(zhì)序列編輯

2、DNA序列轉(zhuǎn)化

3、多序列比對(duì)，對(duì)齊編輯和分析

4、系統(tǒng)樹(shù)分析

5、DNA或蛋白質(zhì)序列的點(diǎn)陣比較

6、DNA序列組裝和編輯

7、BLAST通過(guò)網(wǎng)絡(luò)界面在Intranet / Internet Server上進(jìn)行搜索

8、序列和數(shù)據(jù)庫(kù)中的增強(qiáng)型圖案搜索

9、SiRNA選擇器

10、限制分析

11、繪制序列圖與出版品質(zhì)

12、限制模式預(yù)測(cè)

13、電子克隆

14、從限制片段重建限制圖

15、靜音突變分析創(chuàng)建/破壞限制性位點(diǎn)

16、導(dǎo)向不匹配以創(chuàng)建/破壞限制站點(diǎn)

17、翻譯和密碼子使用分析

18、蛋白質(zhì)疏水性/親水性分析

19、蛋白質(zhì)表征：等電點(diǎn)的序列組成和預(yù)測(cè)

20、蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

21、反向翻譯

22、PCR和測(cè)序引物的設(shè)計(jì)

23、表征DNA或引物序列的熱力學(xué)性質(zhì)

24、分歧分析

25、管理寡核苷酸，DNA和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)

26、生成隨機(jī)序列

軟件功能

數(shù)據(jù)庫(kù)管理

選擇數(shù)據(jù)庫(kù)|經(jīng)理命令打開(kāi)數(shù)據(jù)庫(kù)管理器”對(duì)話框。

掃描序列的相似性

DNAMAN掃描所有的序列記錄在默認(rèn)的數(shù)據(jù)庫(kù)搜索當(dāng)前序列的同源序列。如果默認(rèn)數(shù)據(jù)庫(kù)包含DNA序列，則默認(rèn)序列必須是DNA序列。如果默認(rèn)數(shù)據(jù)庫(kù)包含蛋白質(zhì)序列，則默認(rèn)序列必須是蛋白質(zhì)序列。DNAMAN將使用快速對(duì)準(zhǔn)方法掃描數(shù)據(jù)庫(kù)的序列相似性。您可以選擇對(duì)結(jié)果的最終輸出使用快速對(duì)齊或最佳對(duì)齊方式。

錯(cuò)配分析

錯(cuò)配分析的目的是找到所有可能的退火位點(diǎn)的DNA序列的引物在默認(rèn)。此功能可用于PCR和DNA測(cè)序的引物選擇。權(quán)重矩陣用來(lái)區(qū)分引物位置的重要性。由于引物在3’末端對(duì)目標(biāo)DNA的匹配比PCR擴(kuò)增的5末端更重要，所以更多的權(quán)重被賦予3’末端。為了提高PCR引物的特異性，應(yīng)始終檢查引物與靶DNA之間是否存在次級(jí)退火位點(diǎn)。

編輯記錄信息

有關(guān)特定記錄的信息可以編輯。在序列列表框中，所有記錄按字母順序或記錄順序列出。每個(gè)記錄名字的數(shù)量顯示記錄的記錄號(hào)ID.用DNAMAN自動(dòng)分配。因此，您可以為不同的記錄使用相同的名稱。

DNA和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)

DNAMAN軟件的數(shù)據(jù)庫(kù)功能，允許用戶組織DNA和蛋白質(zhì)序列的不同科目。